Le musée national de la Marine est issu d'une collection offerte au roi Louis XV par Henri Louis Duhamel du Monceau. Cette collection est installée au Louvre, d'abord avec une salle dédiée aux objets d'art naval, dite la salle de marine ouverte entre 1752 à 1793 et destinée à l'instruction des élèves de l'école d'ingénieurs-constructeurs.

Il faut attendre 1827 pour que les collections soient de nouveau exposées et enrichies, avec la création du musée Dauphin au Louvre. Il change de nom en 1830 et devient le musée Naval.

En 1919, le musée est rattaché au ministère de la Marine et devient le musée de la Marine.

Le projet scientifique et culturel est renouvelé en 2016, il est centré autour d’un gros chantier de rénovation du site. En 2017, le musée de la Marine de Paris ferme pour être entièrement rénové par les cabinets d'architectes Snøhetta et h2o, sous la direction de Vincent Campredon et du conservateur général Denis-Michel Boëll. Le musée est appelé à devenir le musée « du fait maritime ».